Ce n'est qu'au 20e siècle que Bâle découvre tout le potentiel du fleuve qui la traverse, lorsque les premiers navires chargés de marchandises parviennent à remonter le Rhin jusqu'au centre de la ville. Aujourd'hui, le port de Bâle est le dernier port du Rhin accessible aux navires de fort gabarit, stoppés plus loin par les chutes du Rhin, obstacle majeur à la navigation (près de Schaffhouse, ce sont les plus hautes chutes d'Europe).
En fait, le port de Bâle est le plus grand et le seul vrai port fluvial du pays, essentiel au fonctionnement de l'économie suisse puisque la moitié des marchandises qui quittent le pays transitent par là. Chaque jour, ce sont ainsi plus de 500 embarcations aux dimensions démesurées qui quittent Bâle pour un périple de plusieurs milliers de kilomètres pouvant les conduire jusqu'à Rotterdam aux Pays-Bas.
Le silo de la Compagnie suisse de navigation offre, du haut de ses 55 mètres, un joli coup d'œil sur le port, la ville de Bâle et plus loin la Forêt Noire de Hansel et Gretel.
A quelques pas du port, il existe un endroit où la France, l'Allemagne et la Suisse s'effleurent un instant ; c'est le "Coin des Trois Pays" (Dreiländereck), signalé par une imposante sculpture métallique arborant les trois drapeaux des nations concernées, devant le restaurant du même nom.
Un peu plus loin, Bâle propose de curieuses navettes fluviales que l'on appelle les "bacs". Ces petits navires à coque plate traversent le fleuve depuis 1854, grâce à la seule force du courant. Pas de moteur, mais un câble tendu entre les deux rives qui tractent les embarcations et leurs passagers.
Quatre lignes de ces "Fähri" traversent le Rhin reliant le Petit et le Grand Bâle en moins de 5 minutes. Certaines stations sont particulièrement utiles lors d'une visite touristique de la ville, comme la station "St. Alban-Fähre", près du musée d'art moderne ou la "Münster-Fähre" au pied de la cathédrale.